Befund Exomsequenzierung II

[DHKW]

Mh....was heißt das jetzt? Haben die doch primär nur diese Gene ausgewertet, und diese Duplikation auf Chromosom 1 und 20 ist halt beiläufig aufgefallen?

Frag doch mal dort nach, meiner Erfahrung nach geben die schon auch sehr spezifische und detaillierte Antworten auf exakte Fragestellungen.

[pelztier86]

Ja, wird wohl das Beste sein, wenn ich mal den Arzt telefonisch kontaktiere. Weiß nur nicht, ob das so unproblematisch geht, weil das die Uniklinik Tübingen ist, nicht die Praxis, und bei Unikliniken ist das meist schwieriger als Patient einen Verantwortlichen ans Telefon zu bekommen.
Ich vermute aber mittlerweile, dass es sich um eine targeted exome sequencing handelte. Sprich: es wurde vermutlich schon das gesamte Exom sequenziert, aber die Auswertung konzentrierte sich auf eine Zielregion um die angegebenen Gene.

Hier habe ich auch eine Publikation über targeted exome sequencing in einer Kohorte von Patienten mit V.a. Mito gefunden, sie stammt von einem bekannten Mitozentrum in den USA.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3719425/

"...We assessed the efficacy of targeted NGS for molecular diagnosis in 102 patients with a suspected mitochondrial disorder, providing new molecular insights into the genetic basis of mitochondrial disease and lessons for incorporating NGS in the clinic. Unlike our previous study of biochemically proven infantile cases, the current study includes many patients with late-onset presentations and uncertain clinical diagnoses. MitoExome sequencing recovered 94% of prior molecular diagnoses and yielded molecular diagnoses for 7% of patients refractory to traditional genetic testing, less than a third the diagnostic success rate (24%) observed in our previous study.."

Wobei die noch eine relativ große Zielregion hatte:
"...Specifically, we targeted 3.1 Mb of DNA including the mtDNA and coding exons of 1,598 nuclear-encoded genes (table e-1): 113 genes known to cause mitochondrial disease, 945 high-confidence mitochondrial genes from MitoCarta,¹⁷ 327 genes predicted to associate with mitochondrial function, and 213 genes underlying monogenic disorders in the differential diagnosis, i.e., metabolic and neurologic disorders with phenotypic similarity to mitochondrial disease. ..."

Alternativ könnte die ganze Exomsequenzierung natürlich für den A... sein, wenn die Mutation auf einem Intron liegen sollte.
Was man ja langsam vermuten könnte.
Und wie man mittlerweile weiß, können auch Mutationen in Introns schwere Krankheitsbilder verursachen. Selbst beim klassischen TYMP assoziierten MNGIE sind einige bisher beschriebene Mutationen Mutationen, die auf einem Intron liegen.

[DHKW]

Die Genetik in Tübigen (Klinik und Praxis, die arbeiten zusammen, die Klinik selbst sequenziert nicht, meinten sie zumindest) ist ganz gut, die Neurologen zum vergessen, aber die hat dich ja eh nicht zu interessieren. Die Genetik ist äußerst nett in Tübingen und antwortet (mir zumindest) auch immer recht schnell selbst per Mail. Ich hatte aber auch immer nur mit dem leitenden OA Kontakt, weiß ja nicht wer deinen Fall betreut.

[pelztier86]

DHKW Unter dem Befund steht ein Dr. Haack als leitender Arzt der med. Genetik. Ist das der bei dir? wenn ja, kannst du mir seine Email-Adresse geben?
Die Leitung der Praxis hat ja Dr. Biskup.

[DHKW]

Haack war es bei mir, dachte der ist der Leiter... ev hat es sich auch geändert mittlerweile. Mail hab ich dir geschickt.

[KlausB]

Wenn ich das richtig verstehe ist das, was Du bekommen hast die (gen)technische Auswertung der Exom-Sequenzierung. Nicht mehr.
Die Zusammenhänge der Auffälligkeiten werden in der genetischen Beratung versucht aufzuarbeiten und evtl Empfehlungen für weitere vertiefte Analysen ausgesprochen.
Du solltest erstmal da hin gehen und dann weiter sehen.

Solch ein Ergebnis war zu erwarten. Daher halte ich eine Exom-Sequenzierung, bei dem derzeitigen Wissensstand der Genetik auch für wenig zielführen oder für'n A.... Die Sequenzierung ist zwar einfach zu machen aber dabei entdeckt man eben eine Vielzahl von Variationen der Gene, ohne das man sagen könnte ob die pathologisch sind oder nicht. Letzten Endes kann man ein Gen nur als pathologisch bezeichnen, wenn auch die dazu passende Pathologie vorliegt.
Dazu kommt noch, dass es bei vielen Genen so ist, dass die zwar der Norm entsprechen aber die Introns am 3'-Ende das produzierte Protein fehlerhaft oder unbrauchbar machen. Dazu zählt mindestens eines der von Dir genannten Gene.

[KlausB]

Um Behandelbarkeit geht es da eh nicht...ich würde, bevor ich dasZeitliche segnen, schon gerne genau/sicher wissen, was ich habe, zumal die Familiengeschichte mit den Zwillingen meines Bruders nun doch unerwartet weitergeht.

Wenn man da mal die bei Dir verdächtigen Gene mit denen der Zwillinge vergleicht, wäre das vielleicht ein Anhaltspunkt. In der genetischen Beratung solltest Du das mit den Zwillingen erwähnen.

[pelztier86]

Mag schon sein.
Aber ich will erst einmal wissen, was genau gemacht wurde. Also ob tatsächlich "nur" ein targeted exome sequencing erfolgte, sprich nur die Zeilregion um die Kandidatengene untersucht wurde....(und die Auswahl der 10 angegebenen Kandiatengene macht aus meiner Sicht zum Teil nicht so viel Sinn bei V.a. MNGIE-like...das eine Gen codiert für alpha1-antrypsin und eine Mutation darin findet man daher beim alpha1-antitrpysin-Mangel. Der macht aber bei mir null Sinn. Genauso das eine Gen, das mit Divertikulose bzw. fam. Polyposis assoziiert ist.
Wie interpretierst du denn den angegebenen Text dazu (siehe Seite zuvor)

https://www.dgm-forum.org/forum/forum-mitochondriale-myopathien/157977-befund-exomsequenzierung-ii?p=157999#post157999

[KlausB]

... die Funktion der COX-Untereinheit behindert, aber nicht zu strukturellen Veränderungen der Untereinheit führt. ...

Die Funktion eines Proteins hängt unmittelbar von dessen räumlicher Struktur ab. Eine in seiner Funktion beeinträchtigte Untereinheit ist immer strukturell verändert.
Ich könnte Dir mal einen Link zu einer Proteinsimulation schicken. Da kannst Du ausprobieren, wie kleinste räumliche Veränderungen ein Protein behindert, fast immer aber funktionslos machen.

[pelztier86]

Das beantwortet jetzt aber nicht meine eigentliche Frage dazu, was jetzt eigentlich genau untersucht wurde.

Und natürlich beeinflusst die Struktur eines Proteins immer dessen Funktion.
Aber bei der Atmungskette ist es ja so, dass hier sowohl nukleär wie mtDNA codierte Proteine bzw. Untereinheiten eine Rolle spielen.
Und so kann ein COX-Mangel einmal durch Defekte in den Genen, die die Struktur der Untereinheiten und damit deren Funktion bestimmen, entstehen als auch durch Defekte, die Hilfsproteine der Atemkettenenzymkomplexe strukturell und funktionell beinträchtigen. Dabei sind die Gene, die die Struktur der Untereinheiten codieren, in Ordnung.

Edit: sehe gerade, ich hatte mich oben verschrieben.

[KlausB]

…. kann ein COX-Mangel einmal durch Defekte in den Genen, die die Struktur der Untereinheiten und damit deren Funktion bestimmen, entstehen als auch durch Defekte, die Hilfsproteine der Atemkettenenzymkomplexe strukturell und funktionell beinträchtigen. Dabei sind die Gene, die die Struktur der Untereinheiten codieren, in Ordnung.

Zudem kann auch bei einem intakten Gen durch Fehlerhafte Enhancer- oder Silencer-Gene ein defektes Protein oder das Protein in zu geringer oder zu hoher Menge produziert werden. Die können relativ weit entfernt von dem Gen liegen, entweder auf einem Exon oder einem Intron. Außerdem spielt noch die richtige Positionierung der Histone eine Rolle.
Es gibt aber auch Faktoren, die man noch nicht kennt, deren Auswirkung man aber an unerklärlichen Proteinfehlbildungen beobachtet.

Alles in Allem kann man sagen, dass die Genetik nur einen Bruchteil der genetisch bedingten Erkrankungen Diagnostizieren kann.

[pelztier86]

KlausB
Ja aber wie würdest du jetzt den Wortlauf in Beitrag 15 interpretieren?

[KlausB]

KlausB
Ja aber wie würdest du jetzt den Wortlauf in Beitrag 15 interpretieren?

Man hat das gesamte Exom Sequenziert. Mindestens alle Verdachtsfälle von Mutationen für bekannte Erkrankungen (CCDS), die die Maschine automatisch ausgeworfen hat, hat man genauer untersucht. Meistens macht man dafür nochmal eine Sängersequenzierung, weil die automatische NGS nie den exakten Gencode ausgibt, sondern immer nur den statistisch wahrscheinlichen Code.
Außerdem hat man noch weitere Gene angeschaut die mit einer Mitochondriopathie und/oder Deinem Krankheitsbild in Verbindung stehen könnten.
(Du hast nicht im Ernst gedacht, dass man das gesamte Exom auf irgendwelche Mutationen prüft?)

Die Zusammenstellung der Gene macht im Zusammenhang mit Deinem Krankheitsbild schon Sinn.
Darin sind die typischen Gene für die mitochondriale Atmungskette, den Aufbau der Mitochondrien selber und ein paar Gene die mit der glatten Muskulatur stehen drin. Irgendwas vollkommen Abwegiges sehe ich da nicht.

[DHKW]

(Du hast nicht im Ernst gedacht, dass man das gesamte Exom auf irgendwelche Mutationen prüft?)

Macht nicht eine full Exom Sequenzierung genau das? E werden ja immer wieder neue Mutationen beschrieben, das geht ja folglich nur, wenn man alle ansieht, weil dann über den Gendefekt ja erst der Pathomechanismus eruiert wird. Mindestens 1 Fall in DE kenne ich, der so aufgearbeitet wurde, vom FBI.

[pelztier86]

Angeblich wurde das gesamte Exom durchgesehen. Ich vermute aber stark primär auf bereits beschriebene pathogene Varianten bzw. Gene, die mit dem Krankheitsbild bereits als assoziiert beschrieben wurden.