Befund Exomsequenzierung II

[KlausB]

Angeblich wurde das gesamte Exom durchgesehen...

Ja sicher hat man das: Auf jede bereits in der Datenbank hinterlegte Mutation eines Gens, die bereits eindeutig einer Erkrankung zugeordnet ist.
Das heißt aber nicht, dass man sich jede Mutation, auch wenn sie auf einem dieser Gene liegt angesehen hat. Das hat man nur mit den (aufgelisteten) Genen gemacht, von denen man weiß, dass sie für Dein Krankheitsbild verantwortlich sein könnten.

Wenn es da auf einem anderen Gen eine Mutation gibt, die für Dein Krankheitsbild verantwortlich ist, das man aber noch nicht damit in Verbindung gebracht hat hast Du Pech gehabt. wenn man Deine Sequenz in einigen Jahren nochmal durchschaut, wird man vielleicht etwas finden.

Das macht man immer so. Anders geht es auch gar nicht, weil es kein eindeutiges Referenzgenom gibt. Auch jedes Genom von Gesunden hat tausende Mutationen, selbst in den Genen die Krankheiten verursachen können.

DHKW

Wie stellst Du Dir denn vor, wie man das machen sollte?
Sicher wird immer wieder was Neues gefunden: Da hat mein ein Krankheitsbild zu dem man eine Hypothese über die möglichen Stoffwechselprozesse aufstellt. Wenn man dann die beteiligten Proteine identifiziert hat schaut man ob man weiß wo die im Genom sitzen und sequenziert die. Das tut man ganz altmodisch, weil dafür die NGS nicht taugt. Wenn die Hypothese bestätigt wird hat man Glück gehabt. Wobei man sich da erst ganz sicher sein kann, wenn das durch weitere Fälle bestätigt wird.

[pelztier86]

Ja, da hast du wohl recht.
Ich habe dem Arzt mal eine Publikation zukommen lassen, die in einem MNGIE-like Fall eine neue Mutation in einem Gen, das zuvor nicht mit Mito assoziiert beschrieben war, beschreibt. Da das nicht in OMIM und Co erwähnt ist, hatten die es vll nicht auf dem Schirm.

https://n.neurology.org/content/86/16_Supplement/P5.072

Vll sieht er sich die Daten bzgl dieses Gens noch einmal an...
Vll lasse ich mir mal die Liste der Klasse 3 Varianten geben und schaue sie durch.

[pelztier86]

Wie glaubst du haben die diese Mutation in dem Gen gefunden? Zufällig darüber gestolpert?

[KlausB]

Wie glaubst du haben die diese Mutation in dem Gen gefunden? Zufällig darüber gestolpert?

Ja
Zumal mir da der Zusammenhang mit der MNGIE nicht so ganz nachvollziehbar erscheint. RRM1 spielt eigentlich eine größere Rolle bei der Kern-DNA-Replikation, bei der mtDNA eine eher untergeordnete.
Möglicherweise ist das ein Zufallsbefund und nicht pathogen. Vielleicht liegt die Ursache auch woanders.

[pelztier86]

...also das glaube ich nicht, es handelt sich hier immerhin um die Forschergruppe, die MNGIE erstmals definiert bzw. TYMP-Mutationen als ursächlich beschrieben.
Und die Patho- bzw. Benignität bisher unbekannter Varianten wird ja von den Bioinformatikern berechnet.

[DHKW]

Wie stellst Du Dir denn vor, wie man das machen sollte?.

In silco über den Spleiß effect? Die Mutation wird simuliert und dann beurteilt... oder verstehe ich das in silico falsch? Wird zwar idR wohl nur bei Forschung angewendet, aber Tübingen nutzt das auch klinisch. Hat man hier ein üp Mutation, sieht man sich eben das Gen genauer an..

[pelztier86]

...meinte ich ja...die Arbeit der Bioinformatiker....jede größere Genetik sollte die haben. ( - es heißt in silico).

[KlausB]

In silco über den Spleiß effect? Die Mutation wird simuliert und dann beurteilt... oder verstehe ich das in silico falsch? Wird zwar idR wohl nur bei Forschung angewendet, aber Tübingen nutzt das auch klinisch. Hat man hier ein üp Mutation, sieht man sich eben das Gen genauer an..

Natürlich macht man das so. Bei Mutationen der Klasse 3 auch in der Diagnostik. Das dauert eben nur weil man erst einmal warten muss bis einem ausreichend Serverzeit auf dem Mainframe zugeteilt wird.
Aber das kannst Du nicht bei jeder Mutation auf dem Exom machen, weil Du das dann praktisch für jedes Gen des Genoms, also für alle Exons machen musst. Natürlich können die Bioinformatiker auch erst nach einer Sängersequenzierung jedes einzelnen Gens loslegen.

Das wäre das altmodische Human-Genom-Projekt für jede einzelne Exom-NGS. Das würde Jahre dauern. Von den Kosten mal ganz abgesehen.

[pelztier86]

Bei Mutationen der Klasse 3 auch in der Diagnostik.

Kann es also sein, dass auf anderen Genen Varianten der Klasse drei mit potenzieller Pathogenität vorhanden sind, man diese aber nicht erkannt hat, weil man diese Gene für das Krankheitsbild nicht auf dem Schirm hatte?

[pelztier86]

Das hat er mir geschrieben:
"...Wir haben bei Ihnen eine Exomsequenzierung durchgeführt und die Daten auch umfassend ausgewertet - nach den Unterschriften ist denke ich "umfassend" angekreuzt. Wie Sie schreiben hängt die Darstellung mit den Vorgaben der KK zusammen.
Bei der Auswertung wenden wir neben einer auf klinischen Symptomen basierenden Filterung auch rein statistische bzw. Frequenz-basierte Modelle zur Identifizierung potentiell klinisch relevanter Veränderungen an.
Im Moment ist der Datensatz nach meiner Einschätzung nach aktuellem Stand der Wissenschaft vollumfänglich ausgewertet worden. Eine Re-Analyse der bestehenden Daten oder auf ggf. eine Erweiterung auf eine Sequenzierung des gesamten Genoms macht ggf. zu einem späteren Zeitpunkt Sinn. Eine Nachverfolgung ca. im Jahresabstand ist da auch organisatorisch ein guter zeitlicher Rahmen..."

[DHKW]

Was gedenkst du denn zu machen um die Qualität der Auswertung zu verbessern? Wie ich den Dr kenne, ist das nicht nur geschreibsel, die werten schon solide und ordentlich aus, mir wäre in DE kein Zentrum bekannt, was besser genetisch arbeitet. Sicher kann man sich jetzt noch in die einzelnen Mutationen reinarbeiten, nur die Wahrscheinlichkeit, dass die relevante Mutation - wenn genetisch - hier gefunden wurde; erscheint mir zumindest als gering.

[KlausB]

Ich denke auch, dass die Auswertung so hochwertig ist wie es der momentane Stand der Wissenschaft zulässt.
Die vorgeschlagene Neubeurteilung der Rohdaten in größeren Zeitabständen könnte durch die fortschreitenden wissenschaftlichen Erkenntnisse was bringen. Allzu optimistisch wäre ich da aber nicht.
Wenn man mehr darüber weiß wie das mit den Genen funktioniert würde irgendwann wohl auch eine Genomsequenzierung Sinn machen. Aber so wie sich die Gentechnik in den letzten 40 Jahren entwickelt hat dauert das sicher noch mindestens weitere 40 Jahre.

[pelztier86]

Natürlich kann ich die Qualität der Auswertung nicht substantiell verbessern. Aber manchmal sieht man dann doch etwas, was in der großen Datenmenge übersehen wurde. Und wenn eine Mutation nicht in den üblichen Datenbanken zu finden ist, könnte sie erst recht übersehen worden sein.
Diese RRM1 Mutation findet sich weder in OMIN, noch pubmedgene etc.pp.
Zudem bin ich mir noch nicht ganz sicher, ob die Auswertung nur unter der Prämisse Mito, MNGIE like erfolgte, oder auch imitierenden Krankheitsbilder einschloss. Davon gibt es jetzt nicht soo viele, aber zum Beispiel sind Einzelfälle von DES assoziierter Desminopathie mit glattmuskulärer Beteiligung und schwerer GI Symptomatik beschrieben worden. Interessanterweise wurde hier auch eine mtDNA Depletion und Verminderung der Aktivitäten der Atemkettenenzymkomplexe festgestellt.

[pelztier86]

Mutations in genes encoding proteins involved in mtDNA replication (C10ORF2, POLG, and POLG2) or maintenance of mitochondrial dNTP pools (TYMP, TK2, and DGUOK) cause human diseases with mtDNA depletion, multiple deletions, or both.

. Cultured fibroblast of the patient showed markedly reduced mitochondrial dNTP levels compared to control cell

Hm - könnte man bei mir nicht mal diese dNTP Spiegel bestimmen, wenn der bei allen Formen von oben genannten Defekten vermindert ist? War bei den Patienten ja auch der Fall.

[KlausB]

….
Diese RRM1 Mutation findet sich weder in OMIN, noch pubmedgene etc.pp.
Zudem bin ich mir noch nicht ganz sicher, ob die Auswertung nur unter der Prämisse Mito, MNGIE like erfolgte, oder auch imitierenden Krankheitsbilder einschloss. ....

Zu Ersterem: Mir ist das RRM1 im Zusammenhang mit einigen Krebserkrankungen bekannt. Darunter auch eine erbliche Form die sich bereits bei Kleikindern manifestiert. In dem Zusammenhang gibt es auch einen RRM1-Antikörpertest, wenn ich mich recht erinnere. Könnte man mal recherchieren.
Zum Zweiten: Darauf weist die Auswahl der genauer untersuchten Gene hin.

Was meinst Du mit dieser Mutation? Die aus der von Dir verlinkten Studie?