Befund Exomsequenzierung II

[pelztier86]

Ja, im Zusammenhang mit Krebs, aber nicht im Zusammenhang mit Mito - das meinte ich.
Naja, die Auswahl der angegebenen Gene ist rein formal für die KK, hat der Arzt ja bestätigt. Die macht auch tatsächlich nicht so viel Sinn.
Da gäbe es Krankheitsbilder mit sekundärer mitochondrialer Dysfunktion, die mehr Sinn machen würden.

[pelztier86]

Ja die Mutation in dem verlinkten Fallbericht. Aber auch generell wird keine RRM1-Mutation bei Mitochondriopathie beschrieben, es wird immer nur der Zusammenhang zu bestimmten Krebsarten und zum Beckwith-Wiedemann Syndrom genannt.

[KlausB]

In den Datenbanken ist ja auch die Mutation des Gens angegeben. In dem Fallbericht ist aber nur die resultierende Veränderung auf dem Protein angegeben.
Die Mutation des Gens wird in den Datenbanken enthalten sein. Nur vielleicht nicht als pathogen bewertet. Bevor eine neu als pathogen gemeldete Mutation auch so eingestuft wird, durchläuft die ein umfangreiches Review durch Genetiker, Mediziner und Bioinformatiker. Das hat die wohl nicht bestanden. Vermutlich aus den von mir genannten Gründen. Außer der einen Veröffentlichung gibt es seitdem ja auch keine Weiteren die sich mit der Mutation beschäftigen.

[DHKW]

Mir sagte mal eine Humangenetikerin, mit der ich schrieb, die et al im Nature publizierte, als eine richtig kompetente (die haben durch die Aufarbeitung der Gene eine Krebskrankheit ursächlich heilen können, erst Maus dann sogar beim Patient), dass man die Exoms heute in erster Linie zur Datenerhebung sequenziert, es gelingt nur selten belastbare Diagnosen zu stellen. Im OMIM etc sieht man nur die Ausnahmen. Darum muss ein >seriöser< Humangenetiker sehr vorsichtig sein, da sonst auch Mutationen ohne Photalgie bei Familienmitgliedern gefunden werden, die sich grundlos ihr leben lang ängstigen. Aus Eigeninteresse etwas weiter suchen, kann man machen, aber daraus für den Bruder oä etwas ableiten, halte ich für psychisch gefährlich. Da kommt nichts mehr belastbares raus. Wie Klaus auch anführte, es ist gar nicht so selten, dass genetische Erkrankungen im Review dann verworfen werden, gerade bei OD mit sehr kleinen Fallzahlen. Es kommt dann ua vor, dass man die Publikation noch irgendwo findet, weil sie nicht gelöscht wurde, insb wenn sie nicht im OMIM drinnen ist, sollte man vorsichtig sein.

[pelztier86]

Wieso, da steht doch:

Whole Exome Sequencing revealed a homozygous RRM1 c.1142G>A (p.382R>H) variant, which was confirmed by Sanger sequencing and not present in 1000 Genomes and NHLBI Exome Sequencing Project databases. The patient’s unaffected mother and three healthy siblings were heterozygous carriers of the variant. Cultured fibroblast of the patient showed markedly reduced mitochondrial dNTP levels compared to control cells. Conclusions:In our patient with a MNGIE-like phenotype, we identified the first mutation in RRM1 defining a new disease of mtDNA maintenance.

Die Mutation ist doch genau angegeben, oder was meinst du?

[pelztier86]

Ich habe hier gerade zufällig etwas Interessantes gefunden, ein Genpanel für Mitochondriopathien von der Radboud University, die schon lange in Sachen Mito forscht.
Hier wird RRM1 erwähnt, allerdings mit dem Zusatz (wie andere Gene auch) no OMIM ID.

https://www.radboudumc.nl/getmedia/e5b77552-ccf8-4022-bfc0-d19e9af4b509/MITOCHONDRIAL-DISORDERS-N_DG217.aspx

[KlausB]

Wieso, da steht doch:


Die Mutation ist doch genau angegeben, oder was meinst du?

Stimmt, "

c.1142G>A" hatte ich übersehen.
"p.382R>H", wie in der Überschrift ist die Veränderung am Protein.

[KlausB]

Ich habe hier gerade zufällig etwas Interessantes gefunden, ein Genpanel für Mitochondriopathien von der Radboud University, die schon lange in Sachen Mito forscht.
Hier wird RRM1 erwähnt, allerdings mit dem Zusatz (wie andere Gene auch) no OMIM ID.
https://www.radboudumc.nl/getmedia/e...S-N_DG217.aspx

Die werden aber größtenteils wohl auch nur maschinell ausgewertet werden. Da wird man sicher auch nur die im Einzelfall klinisch relevanten genauer auswerten. ist ja auch einiges mit nur begrenztem individuellem Nutzen dabei.

[DHKW]

Ich vermute, dass sich die Diagnostik schon noch verbessern lässt, wenn man sich selber länger mit dein einzelnen Mutationen befasst, die nehmen sich glaube ich 2-3 Tage pro Fall (die Klinik exkl.) zum auswerten. Vermutlich kann man schon alle Gene, die theoretisch mit Mitos in Verbindung zu bringen währen, einer in silico Auswertung unterwerfen, das kostet halt ordentlich Zeit und es würden halt "non OMIM" rauskommen, wenn da aber ein harter üp Befund rauskommt und das klinisch zur Funktion des Genes passt, hätte man schon mehr in der Hand. Das geht aber wohl nur in Forschungsprojekten, wie eben das verlinkte, der aber man mietet sich selber den Server. Die Frage ist nur, wie man dann sequenziert, die Software und die Anbindung der Datenbanken scheint mir da ein Problem zu sein, die Serverleistung kann man sich ua bei Google mieten. (Kostet einiges, ist aber möglich). Wenn da nicht groß in silico ausgewertet wurde und nur sehr begrenzt, dann wird man wohl nicht viel weiter kommen, es ist halt dann keine Auswertung wie in den Mito Forschungs-Studien möglich. Ist ja bei ALS gleich, nur dass da in den USA mehrer Studien laufen. Weiß nicht, ob das bei Mitos auch möglich ist, würde ev mal die Leiter anschreiben.

[KlausB]

Die in-Silico-Auswertung wird schon über das gesamte Exom laufen auch über alle Exoms die mit Mito in Zusammenhang stehen. Vielleicht schut man sich in dem genannten Forschungsprojekt auch alle möglichen Mito-Mutationen persönlich an, ist nur die Frage, ob die das auch Fallbezogen tun. Das ist ja auch im Sinne der Datenbankbetreiber und der Sequenziermaschinen-Hersteller. Besonders die Hersteller haben daran ein Interesse um möglichst viele Vergleichsdaten in ihrer Datenbank zu haben. Denn das ist deren Haupteinnahmequelle. Das ist wie mit Druckern: Die gibt es fast umsonst. Verdient wird an der Tinte.

Das mit dem Server auf Google mieten war ja wohl nichts. Es geht nicht um Speicherplatz, sondern um Rechenleistung. Ein paar PF (Rechenoperationen pro Sekunde) sollte der schon haben. Das ist die Größenordnung einer Zahl mit 15 Nullen. Füttern nit entsprechender Software musst Du den natürlich auch noch.
Jedes größere medizinisches Labor hat heutzutage mindestens einen Rechner mit mindestens 1 PF oder direkten Onlinezugang dazu.

Natürlich lässt sich die Diagnostik noch verbessern und tut sie auch ständig. Deshalb der Vorschlag des Arztes einer Re-Analyse in gewissen Zeitabständen. Wenn Du sofort das volle Programm haben willst, kannst Du das sicher auch haben. Da wirst Du allerdings einen hohen 6-stelligen oder gar 7-stelligen Betrag anlegen müssen um die Wissenschaftler zu bezahlen die sich jede einzelne der tausenden Variationen ansehen.

[pelztier86]

Ich werde jetzt die Bestimmung der Atemkettenenzymkomplexe auf eigen Kosten machen lassen. Der Pathologe in München ist nett, aber die Problematik ist, dass man nicht so einfach bzw. nur unter bestimmten Umständen, die bei mir nicht vorliegen, in sein Institut überweisen kann. Meine Eltern werden nun die Kosten (500 Euro) für die Untersuchung übernehmen. Nach 1,5 Jahren Warterei habe ich einfach keinen Nerv mehr und vll. auch nur noch begrenzt Zeit.
Was dann noch ausstünde, wäre eine Depletionsanalyse. Auch die war ja ursprünglich angedacht von der Neurologin in Aachen. Bei einem V.a. mitochondriales Depletionssyndrom, das sich aber anderweitig noch nicht molekulargenetisch nachweisen lässt, wäre die Untersuchung eine Option. Typischerweise sind zwar bei einem Depletionssyndrom die Aktivitäten der Atemkettenenzymkomplexe deutlich vermindert, aber auch das ist kein Befund, der immer vorhanden wäre, insb. wenn das Muskelbiopsat wie bei mir nicht im frischen Zustand untersucht wird, so dass nur die Aktivitäten im Vergleich zu Cintratsynthase bestimmt werden können, nicht die absoluten Werte. Wenn also die CS aufgrund anderer Faktoren erniedrigt ist, kann das eine mitochondriale Dysfunktion maskieren. Außerdem ist der vastus lateralis für diese Art von Untersuchungen sicher nicht der beste Muskel, da der bei mir durch die anfängliche deutlichere Spastik, die nun nur noch leicht ausgeprägt ist, noch relativ gut erhalten ist im Vergleich zu den anderen Muskeln. Tendenziell sind Becken/Hüftmuskulatur sowie Unterschenkelmuskulatur deutlich schwächer als die Oberschenkelmuskulatur.
Leider scheinen nicht mehr viele Labore diese Depletionsanalyse anzubieten.

[KlausB]

Das sind dann aber keine Untersuchungen auf Grundlage der Genetik?

[pelztier86]

Nein.....oder was meinst du genau damit? Die Exomsequenzierung wurde vom Kinder-Mito-Arzt angeordnet und von den Tübinger Genetikern durchgeführt.
Ich habe dem Genetiker nochmal wegen der RRM1-Mutation geschrieben, aber bisher noch keine Antwort erhalten.
Ansonsten sprach der Kinder-Mito-Arzt schon im Oktober bei der Vorstellung die Möglichkeit an die Muskelbiopsie voll zu verwerten, also insb. die Atemkettenenzmykomplex-Aktivitäten zu bestimmen. Das war dann aber ein ewiges Hin und Her, weil ich zunächst ewig nicht herausfinden konnte, ob überhaupt noch passende Proben in Aachen vorliegen. Nachdem das geklärt war, kam dann Corona dazwischen. Dann versuchte ich das selbst in die Hand zu nehmen; der Pathologe in München, der mit dem Kinder-Mito-Arzt zusammenarbeitet, wollte aber zunächst die Exomsequenzierung abwarten. Nachdem diese jetzt nichts Eindeutiges geliefert hat (was für mich zu erwarten war), kontaktierte ich ihn heute erneut, und er war bereit die Untersuchung durchzuführen. Ich vergaß allerdings ihn nach der Möglichkeit einer Depletionsanalyse am Muskelbiopsat anzusprechen. Er will nun den Mito-Kinder-Arzt kontaktieren, damit dieser veranlasst die Proben von Aachen nach München schicken zu lassen.

[DHKW]

Die in-Silico-Auswertung wird schon über das gesamte Exom laufen auch über alle Exoms die mit Mito in Zusammenhang stehen. Vielleicht schut man sich in dem genannten Forschungsprojekt auch alle möglichen Mito-Mutationen persönlich an, ist nur die Frage, ob die das auch Fallbezogen tun. Das ist ja auch im Sinne der Datenbankbetreiber und der Sequenziermaschinen-Hersteller. Besonders die Hersteller haben daran ein Interesse um möglichst viele Vergleichsdaten in ihrer Datenbank zu haben. Denn das ist deren Haupteinnahmequelle. Das ist wie mit Druckern: Die gibt es fast umsonst. Verdient wird an der Tinte.

Das mit dem Server auf Google mieten war ja wohl nichts. Es geht nicht um Speicherplatz, sondern um Rechenleistung. Ein paar PF (Rechenoperationen pro Sekunde) sollte der schon haben. Das ist die Größenordnung einer Zahl mit 15 Nullen. Füttern nit entsprechender Software musst Du den natürlich auch noch.
Jedes größere medizinisches Labor hat heutzutage mindestens einen Rechner mit mindestens 1 PF oder direkten Onlinezugang dazu.

Natürlich lässt sich die Diagnostik noch verbessern und tut sie auch ständig. Deshalb der Vorschlag des Arztes einer Re-Analyse in gewissen Zeitabständen. Wenn Du sofort das volle Programm haben willst, kannst Du das sicher auch haben. Da wirst Du allerdings einen hohen 6-stelligen oder gar 7-stelligen Betrag anlegen müssen um die Wissenschaftler zu bezahlen die sich jede einzelne der tausenden Variationen ansehen.

Die Server für die KI (Mustererkennung bei "künstlicher Intelligenz") lassen sich mieten, je nach Datenmenge kommen da bei Unternehmen LKWs die die Server mit Daten mitnehmen und dann hochladen, weil die normale I-Net Verbindung zu langsam ist... Das sind schon Server mit der ensprechenden Rechenleistung, man kann also heute schon die Serverleistung mieten, was das aber genau kostet kann ich nicht sagen. Die "kleinen" Server, die man sich pro Tag mieten kann, kosten für wenige Tagen schon ein paar tausender.

Die Auswertung eine klinischen Studie zu einer Krankheiten ist wesentlich zeitintensiver, wo genau hier die Unterschiede liegen weiß ich auch nicht. Müsste man mal bei so einer Studie anfragen.

Zwischen einer 5.000€ Analyse (das kostet Tübingen) und X Millionen, gibts ja auch noch ein Mittelding...

[KlausB]

... kommen da bei Unternehmen LKWs die die Server mit Daten mitnehmen .... Die "kleinen" Server, die man sich pro Tag mieten kann, kosten für wenige Tagen schon ein paar tausender.

...

Das mit den LKW's soll wohl ein Witz sein! So ein Server wiegt so um die 2 t (oder mehr) und die Kühlung nochmal soviel. Transportabel sind die nicht und kosten mehrere Millionen. Bei dem Lärm, den die Kühlung macht würde ich den LKW auch nicht fahren wollen.
Die Anbieter liefern maschinenspezifische Software, die für die spezielle Anwendung modifiziert wird. Da braucht man keinen großen Server für. Die Modifikation machen die Anbieter meist nach selber nach Kundenvorgaben /gegen Entgelt).
Das hochladen der Daten erfolgt unabhängig von der Mietzeit unabhängig auf Zwischenspeicher oder man schickt entsprechend große Datenträger ein.

Bei den von Dir genannten Kosten sprechen wir wohl eher von dem Preis pro Stunde.